Mikrosatelit (angl. Simple Sequence Repeats – SSR) je krátky úsek deoxyribonukleovej kyseliny zložený z viacerých po sebe sa opakujúcich repetícii, skladajúcich sa z 2–6 bázových párov.

Mikrosatelity sa nachádzajú vo všetkých eukaryotických organizmoch, identifikované boli aj v prokaryotoch) a niektorých vírusoch. Vďaka svojej polymorfnej povahe (zvyšovanie alebo znižovanie počtu repetícií) sa využívajú v molekulárnej biológii ako genetické markery.

O funkcii mikrosatelitov sa vie málo a prevažne závisí od umiestnenia v genóme organizmu. Mikrosatelity spôsobujú niektoré neurodegeneratívne ochorenia ako je napríklad Huntingtonova choroba, pri ktorej je v dôsledku mutácie na 4. chromozóme človeka zvýšený počet CAG repetícií mikrosatelitu z normálneho počtu 11–34 na 46–62 opakovaní.

Mikrosatelity môžu regulovať aj expresiu génov: V prokaryotoch môžu vypnúť alebo zapnúť expresiu génov a v eukaryotoch je táto regulácia citlivejšia - môžu zosilniť, alebo zoslabiť expresiu génov.

Chemický portál