Výsledkom dlhodobého šľachtenia na území Česka boli vyšľachtené tieto národné plemená. Rozvoj národných plemien je podporované aj grantovými programami Európskej únie.

• Česká slepice zlatá kropenatá (Česká zlatá kropenka, Češka)
• Šumavanka

• Česká hus
• Česká hus chocholatá

• Benešovský holub
• Brněnský voláč
• Česká bagdeta
• Česká čejka
• Česká lyska
• český bublák
• Český holub
• Český rejdič
• Český stavák
• Český voláč
• Hanácký voláč
• Moravská bagdeta
• Moravský bělohlávek
• Moravský morák
• Moravský pštros
• Moravský voláč
• Ostravská bagdeta
• Prácheňský káník
• Pražský rejdič krátkozobý
• Pražský rejdič středozobý
• Rakovnický kotrlák
• Slezský barevnohlávek
• Slezský voláč

• Český albín
• Český červený králik
• Český čiernopesíkatý
• Český luštič
• Český strakoš
• Moravský biely hnedooký
• Moravský modrý

• Český typ štandardnej nutrie
• Moravská strieborná nutria
• Přeštická nutria

• Šumavská ovca
• Valašská ovca

• Biela (bezrohá) krátkosrstá koza
• Hnedá (bezrohá) krátkosrstá koza

• Česká červinka
• Český strakatý skot (Český strakatý hovädzí dobytok)

• Přeštické černostrakaté prase (Přeštické čiernostrakaté prasa)

• Českomoravský belgický kůň (Českomoravský belgický kôň)
• Starokladrubský kůň (Starokladrubský kôň)
• Slezský norik

• Český fousek
• Český horský pes
• Český strakatý pes
• Český teriér
• Chodský pes
• Pražský krysařík

• Národné plemená Slovenska

• Český zväz chovateľov
• Národné referenčné stredisko uchovávania a využitia genetických zdrojov hospodárskych zvierat v Česku Archivované 2008-09-09 na Wayback Machine