V roku 2000 nastal „Druhý dopad“. Skoro úplne zničil Antarktídu a ľadovce sa tam roztopili. Polovica obyvateľstva na Zemi zomrela. Tiež sa na Zemi objavili podivné stvorenia, ktoré ľudia nazvali „Anjelmi“. Anjeli boli obrovskí, niekoľko metrov vysokí, mohli mať akýkoľvek tvar a útočili na ľudí. Druhý dopad bol v skutočnosti nevydarený experiment s prvým anjelom, Adamom. Žiadne ľudské zbrane Anjelom nemohli ublížiť. Chránili sa totiž špeciálnym štítom AT (skrátene z angl. Absolute Terror; slov.: Absolútny Teror). Preto bola založená organizácia NERV, ktorá vyvinula špeciálne stroje na boj proti Anjelom, „Evangeliony“. Sú asi také veľké ako Anjeli, niekedy i väčšie a používajú zbrane, ktoré preniknú cez AT.

Píše sa rok 2015. Japonská organizácia NERV má už tri funkčné Evangeliony a do nich troch presne potrebných pilotov. Nikto iný by tieto Evangeliony nemohol riadiť. Môže to len niekto, kto sa narodil počas Druhého dopadu. Preto traja 14-roční piloti Šindži, Rei a Asuka riskujú svoje životy a psychicky sa zdeptávajú v troch obrovských strojoch.