Zoznam diecéznych českobudějovických biskupov od vzniku diecézy až do teraz.

1. Jan Prokop Schaaffgotsche (1785-1813)
2. Arnošt Konstantin Růžička (1815-1845)
3. Josef Ondřej Lindauer (1845-1850)
4. Jan Valerián Jirsík (1851-1883)

   Karel Průcha (1883 vymenovaný, ale zo zdravotných dôvodov úrad neprevzal, zomrel krátko po vymenovaní)

5. František Schönborn (1883-1885; v roku 1885 vymenovaný pražským arcibiskupom)
6. Martin Josef Říha (1885-1907)
7. Josef Antonín Hůlka (1907-1920)
8. Šimon Bárta (1920-1940)

   Antonín Eltschkner (vymenovaný 1940, ale kvôli odporu nemeckých okupačných orgánov nebolo menovanie ani oficiálne uverejnené, diecézu nikdy neprevzal)

9. Josef Hlouch (1947-1972, v rokoch 1950-1968 nevykonával úrad, po väčšinu doby bol komunistickou mocou internovaný mimo diecézu)
10. Miloslav Vlk (1990-1991; v roku 1991 vymenovaný pražským arcibiskupom)
11. Antonín Liška (1991-2002)
12. Jiří Paďour (od roku 2002, 2001-2002 biskup koadjútor)