Zónovanie v permakultúre označuje metódu usporiadanie prvkov v priestore podľa toho, ako často ich obsluhujeme alebo navštevujeme. Prvky, ktoré navštevujeme najčastejšie (napr. skleník, záhradka), sa umiestňujú najbližšie k domu, zatiaľčo zriedkavo navštevované miesta (sad, les) umiestňujeme najďalej od domu. Zóny sú číslované od 0 do 5 podľa blízkosti k centru aktivít, ktorým je obvykle dom (v prípade zónovania domáceho hospodárstva) alebo aj napr. obec (v prípade zónovania regiónu).

Prehľad permakultúrnych zón

• Zóna 0 - dom alebo centrum aktivít. Tu sa uplatňujú permakultúrne princípy v zmysle snahy znižovania spotreby energie a vody, využitia prírodných zdrojov ako slnečné svetlo, a všeobecne vytvárania harmonického, udržateľného prostredia, v ktorom sa žije, pracuje a oddychuje.
• Zóna 1 - zóna najbližšia k domu, umiestnenie prvkov, s ktorými prichádzame do styku najčastejšie, napr. záhradka, skleník, parenisko, zberňa pre kuchynský odpad a pod.
• Zóna 2 - táto zóna sa používa na trvalé rastliny, ktoré potrebujú častú starostlivosť ako odstraňovanie buriny, prerezávanie. Je to tiež vhodné miesto pre úľ, väčšie kompostovacie ohrady a pod.
• Zóna 3 - priestor, v ktorom rastú hlavné plodiny pre domácie alebo obchodné účely. Po ustálení je potrebná minimálna starostlivosť a údžba ako mulčovanie, polievanie, kontrola buriny raz za týždeň.
• Zóna 4 - polodivočina. Táto zóna sa používa najmä pre kŕmenie a zbieranie divej potravy, ako aj pre produkciu dreva.
• Zóna 5 - divočina. V zóne 5 nie je potrebný ľudský zásah, je to zóna vhodná na pozorovanie prírodných ekosystémov a cyklov. Je to zóna, v ktorej sa učíme najdôležitejšie lekcie z prvého princípu permakultúry - spolupracovať s prírodou, nie bojovať proti nej.^{[chýba zdroj}