Realm

Klasifikace virů je vzhledem k rozmanitosti a proměnlivosti virů problematičtější než klasifikace buněčných organismů. Proto existuje více možných přístupů a z nich vzniklých klasifikačních systémů.

Nejstarší klasifikační systémy virů vycházely z klasifikace napadaných organismů. Byla to například Holmesova klasifikace z roku 1948. Aplikovala linnéovskou biologickou nomenklaturu a členila viry na fágy (napadají bakterie), fytofágy (napadají rostliny) a zoofágy (napadají živočichy).

Později se viry začaly klasifikovat podle strukturních fyzikálních a chemických vlastností, jako je nosič genetické informace (RNA nebo DNA), velikost, tvar a symetrie kapsidy apod. K takovým klasifikačním systémům patří například hierarchická klasifikace LHT z roku 1962, dnes již zastaralá a nepoužívaná.

Aktuální snahou tvůrců biologických klasifikačních systémů je přirozenost z hlediska fylogenetické příbuznosti. O tu se snaží podrobný, každoročně aktualizovaný systém Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV).

V současnosti se stále používá také zjednodušená klasifikace podle nosiče genetické informace a způsobu jejího přepisu, takzvaná Baltimorova klasifikace z roku 1971. V některých aspektech je však již neslučitelná s moderní fylogenetickou klasifikací ICTV.

Vzhledem k tomu, že není známo příliš mnoho typů subvirových činitelů (viroidy, satelitní viry včetně virofágů, satelitní nukleové kyseliny včetně virusoidů, viriformy^{[pozn. 1]}), dlouho pro ně neexistoval odpovídající systém a byly klasifikovány pouze podle nosiče genetické informace, případně její velikosti. Výjimkou byl klasifikační systém viroidů podle Florese (Ricardo Flores, 1947–2020) z roku 1998,^[2] revidovaný Dienerem (Theodor Otto Diener, 1921–2023) v roce 2001,^[3] používající čeledi a rody. Později byl včleněn do systému ICTV, do kterého jsou od roku 2015 zahrnuty i vybrané satelitní viry (včetně virofágů) a satelitní nukleové kyseliny, a od roku 2021 též explicitně uváděné viriformy (dříve klasifikované jako viry).^[1]

Systém ICTV

Mezinárodní komise pro klasifikaci virů (International Committee on Taxonomy of Viruses – ICTV) klasifikuje jednotlivé druhy virů podobně jako buněčné organismy do říší, kmenů (případně i podkmenů), tříd, řádů (podřádů), čeledí (podčeledí) a rodů (podrodů). Nejvyšším taxonem, nadřazeným říším, je realm^{[pozn. 2]}. Systém ICTV důsledně používá metagenomický přístup.^[9]^[4] Snahou je přitom respektovat fylogenetickou příbuznost, tedy na základě genetické informace sdružovat taxony dané úrovně do skupin, u kterých lze předpokládat společného předka.

Standardními příponami v taxonomii jsou:^[1]

u virů (včetně satelitních virů a retrotranspozonů)
- pro realm: -viria
- pro říši: -virae
- pro kmen: -viricota
- pro podkmen: -virales
- pro třídu: -viricetes
- pro řád: -virales
- pro podřád: -virineae
- pro čeleď: -viridae
- pro podčeleď: -virinae
- pro rod a podrod: -virus;
u viroidů:
- pro čeleď: -viroidae
- pro rod: -viroid;
u viriforem:
- pro čeleď: -viriformidae
- pro rod: -viriform;
u satelitních nukleových kyselin:
- pro čeleď: -satellitidae
- pro podčeleď: -satellitinae
- pro rod: -satellite.

Virologická nomenklatura dlouho neměla předepsáno binomiální názvosloví pro druhy. Diskuse o jeho potřebnosti s cílem odstranit nejednotný přístup (názvy virových druhů byly tvořeny mnoha různými způsoby, vedoucími k výsledným jednoslovným až šestislovným názvům)^[10] vedly ke změně názvoslovného kódu, který od března 2021 pro nově navrhovaná druhová jména požaduje dvouslovné pojmenování s tím, že první jméno je totožné s pojmenováním rodu. (I u některých starších názvů postupně probíhá přejmenování na dvouslovné.)^[1]

Podle názvoslovného kódu ICTV se názvy všech vyšších taxonů píší stejně jako jména druhů kurzívou s velkým počátečním písmenem.^[1]

Aktuální klasifikace byla přijata v červenci 2022 a ratifikována v březnu 2023. Viry (druhy uznané ICTV) jsou systematicky kategorizovány do 6 realmů; vedle nich jedna třída, 22 čeledí a dva rody zůstávají nezařazeny.^[11]^[12]

Klasifikace virů dle ICTV zahrnuje také viroidy (nezařazené čeledi Avsunviroidae a Pospiviroidae), vybrané virofágy (nezařazená čeleď Lavidaviridae) a jiné satelitní viry (např. v čeledi Parvoviridae realmu Monodnaviria, čeledích Tombusviridae a Virgaviridae a nezařazených rodech Albetovirus, Aumaivirus, Papanivirus, Virtovirus realmu Riboviria, čeledi Kolmioviridae realmu Ribozyviria^{[pozn. 3]}), retrotranspozony (čeledi Metaviridae a Pseudoviridae z řádu Ortervirales), viriformy (nezařazené čeledi Bartogtaviriformidae, Brachygtaviriformidae, Polydnaviriformidae, Rhodogtaviriformidae) a satelitní nukleové kyseliny (nezařazené čeledi Alphasatellitidae a Tolecusatellitidae). Dosud není definován taxon pro zařazení ucelené fylogenetické skupiny tzv. obelisků (popsaných teprve v r. 2024).^{[pozn. 4]}

V následujícím přehledu (do úrovně rodů) jsou navíc pro úplnost uvedeny i dosud neuznané navrhované taxony, vždy označené závorkou „(neuznaný/á)“. Návrh plyne z uvedené reference (zpravidla vědeckého periodika nebo webové složky ICTV s návrhy, u kterých dosud neskončil proces k jejich uznání^[16]).