Baktérie
Paličkovité baktérie Bacillus anthracis, pôvodcovia choroby antrax, medzi bunkami mozgomiechového moku (svetelný mikroskop)
Vedecká klasifikácia
Doména baktérie (Bacteria) Ríša (regnum) baktérie (Bacteria)
Vedecký názov
Bacteria
Synonymá
Eubacteria, Schizomycetes, Bacteriophyta
Vedecká klasifikácia prevažne podľa tohto článku

Baktérie (lat. Bacteria; iné slovenské a latinské názvy pozri nižšie) sú v súčasnom ponímaní doména z taxónu bunkovce (=bunkové organizmy; lat. Cellulata). Spolu s archeónmi tvoria neformálnu skupinu prokaryoty. Pojem baktérie sa pri bližšom pohľade v literatúre rôzne chápe (pozri nižšie); predmetom tohto článku (okrem čiastočne kapitoly o systematike) sú baktérie v najužšom zmysle, tzv. eubaktérie (Eubacteria).

Bakteriálna bunka sa bežne skladá z peptidoglykánovej bunkovej steny, jadrovej oblasti (nukleoidu), DNA bez intrónov, plazmidov a ribozómov prokaryotického typu. U baktérií sa nevyskytuje pohlavné rozmnožovanie, namiesto toho sa najčastejšie delia binárne. Baktérie sú najrozšírenejšou skupinou organizmov na svete.

Baktérie majú veľký význam v planetárnom obehu živín a často vstupujú do obojstranne prospešných vzťahov s inými organizmami. Na druhej strane je známych aj veľa patogénnych baktérií, teda druhov, ktoré spôsobujú infekcie.

Názvy

Vedecké názvy

Vedecké (latinské) názvy sú: Bacteria^[1][2], Bacteriae^[3], Bacteriophyta^[3][4][5], Bacteriaceae^[2], Bacteriomycetes^[4]; staršie: Schizomycetes^[5][2], Schistomycetes^[6][7], Schizomycet(ac)eae^[2][8], Schizomycophyta^[9]. V textoch, v ktorých sú baktérie definované ako synonymum prokaryotov (porovnaj nižšie) sú ďalšími vedeckými názvami baktérií vedecké názvy prokaryotov (i keď prokaryoty v minulosti niekedy zahŕňali aj vírusy resp. nebunkovce).

Eubacteria:
V roku 1977 Woese vyčlenil z baktérií archeóny do samostatného taxónu. Názvy prokaryotov (teda baktérií v tradičnom ponímaní) bez archeónov sú: Eubacteria (Woese 1977)^[10], Eubacteriophyta^[11][12], zriedkavo Neobacteria^[13], zriedkavo Bacteriobionta^[13], ale dnes sa zďaleka najčastejšie používa názov Bacteria v užšom zmysle (Woese 1990)^[1][14]. Názov Eubacteria sa teda vo význame prokaryoty bez archeónov používa od roku 1977; do začiatku 20. storočia sa však názvom Eubacteria označovalo niečo iné, a to všetky prokaryoty okrem sírnych baktérií (Thiobacteria), prípadne aj okrem myxobaktérií. ^[15][16][17]. Okrem toho Möhn 1984 názvom Eubacteria označil všetky Bacteriobionta (pozri vyššie) okrem spirochét a myxobaktérií ^[13].

Eubacteriae:
V 40. - 60. rokov 20. storočia sa u niektorých autorov v rámci baktérií vyskytoval taxón (trieda, kmeň a pod.) Eubacteriae, ktorým sa označovala podskupina baktérií zahŕňajúca typické baktérie, t.j. spravidla všetky prokaryoty okrem siníc, rickettsií v širšom zmysle (=rickettsie v užšom zmysle + bartonely + chlamýdie^[18]), mykoplaziem, spirochét a myxobaktérií, neskôr aj okrem aktinomycét.^[19][20][21]

Eubacteriales:
V 20. - 70. rokoch 20. storočia sa u mnohých autorov v rámci baktérií vyskytoval rad Eubacteriales (v niektorých systémoch bol zaradený ako jeden z radov vyššie spomínaného taxónu Eubacteriae^[19]). Rad Eubacteriales zahŕňal najtypickejšie baktérie; t.j. konkrétne:

• a) podľa Bergey's Manual 1948 zahŕňal všetky prokaryoty okrem taxónov: sinice, rickettsie v širšom zmysle (porov. vyššie), aktinomycéty, Chlamydobacteriales (vrátane Beggiatoales; toto nie je zhodné s chlamýdiami), Caryophanales, myxobaktérie, spirochéty a mykoplazmy (=Borrelomycetaceae),
• b) podľa Bergey's Manual 1957 zahŕňal to isté ako v bode a), ale navyše okrem taxónov Pseudomonadales (zahŕňa aj Rhodobacteriales - po slovensky: purpurové baktérie) a Hyphomicrobiales.^{[5][22][23][24]}

Taxónu Eubacteriales podľa definície a) je podobný zriedkavo sa vyskytujúci taxón (trieda) Bacteridae^[11].

Slovenské názvy

Slovenské názvy sú: baktérie^[10]; staršie: poltivky^[25][26][27], schizomycéty^[28]; neformálne alebo staršie: mikróby^[27][29][6], bacily^[27]; zastarano nevhodne: plesne^[27][6].

Eubacteria:
Slovenský ekvivalent vyššie spomínaného Woesovho latinského názvu Eubacteria (= prokaryoty okrem archeónov) je eubaktérie^[10] alebo pravé baktérie^[10]. Keďže tento taxón dnes spravidla označujeme po latinsky ako Bacteria v užšom zmysle, označujeme ho aj po slovensky spravidla ako baktérie v užšom zmysle^[1]. Slovenský ekvivalent vyššie spomínaného podobného pojmu Eubacteriophyta (=Eubacteria okrem siníc) je pravé baktérie^[11].

Eubacteriales:
Slovenský ekvivalent vyššie spomínaného radu baktérií nazývaného Eubacteriales je baktérie ^[5], pravé baktérie^[30] alebo ojedinele eubaktérie^[30]. Slovenský ekvivalent vyššie spomínanej triedy Bacteridae je baktérie pravé^[11].

Systematická klasifikácia

Rozsah pojmu a zaradenie v systéme

Rozsah pojmu baktéria sa menil v závislosti od času aj autora. Pojem "baktérie" môže teda v závislosti od použitého systému označovať:

• v minulosti:
  • prokaryoty
  • prokaryoty okrem siníc, rickettsií v širšom zmysle (= rickettsií v užšom zmysle, bartonel a chlamýdií) a prípadne mykoplaziem, niekedy aj okrem spirochét a občas aj okrem aktinomycét (Rickettsie, bartonely, chlamýdie a mykoplazmy sa v takýchto systémoch považovali za vírusy alebo organizmy na prechode medzi baktériami a vírusmi; spirochéty sa považovali za živočíchy alebo organizmy na prechode medzi baktériami a živočíchmi; aktinomycéty sa považovali za huby alebo za organizmy na prechode medzi baktériami a hubami.^{[31][32][33][34][35][36]})
  • prokaryoty (prípadne okrem siníc) vrátane nebunkovcov, najmä vírusov
  • prokaryoty okrem siníc
  • prokaryoty okrem archeónov a siníc (Tento variant je pomerne zriedkavý. Synonymum: Eubacteriophyta)
• dnes:
  • prokaryoty okrem archeónov (Synonymum:Eubacteria)

Vysvetlivka: Termín prokaryoty tu zahŕňa klasické baktérie (vrátane rickettsií, bartonel, chlamýdií, mykoplaziem, spirochét, aktinomycét), archeóny a sinice (vrátane prvozelených rias).

O variantoch zaradenia baktérií v systéme živých organizmov pozri Systém živých organizmov.

Delenie

Uvádzame príklady delenia baktérií (Z tu uvedených delení baktérií niektoré do pojmu baktérie zahŕňajú sinice a/alebo archeóny, iné ich nezahŕňajú):

Tradičné systémy

Podľa 8. vydania Bergey's Manual of Determinative Bacteriology (1974) (Delenie na 19 častí plus cyanobaktérie)

ríša prokaryoty (Procaryotae):

• oddelenie cyanobaktérie (v neskorších systémoch uvádzané aj ako "oxygénne fototrofné baktérie")
• oddelenie baktérie:
  • časť 1 fototrofné baktérie (v neskorších systémoch uvádzané aj ako "anoxygénne fototrofné baktérie")
    • rad Rhodospirillales
  • časť 2 kĺzavé baktérie (iný slovenský názov: kĺzajúce baktérie)
    • rad myxobaktérie (Myxobacterales) (v neskorších systémoch uvádzané aj ako "fruktifikujúce kĺzavé baktérie")
    • rad Cytophagales (v neskorších systémoch uvádzané aj ako "nefotosyntetizujúce nefruktifikujúce kĺzavé baktérie")
  • časť 3 pošvovité baktérie (iné slovenské názvy: pošvaté baktérie, opuzdrené baktérie, baktérie v spoločnej pošve)
  • časť 4 pučiace baktérie a/alebo príveskovité baktérie
  • časť 5 spirochéty
    • rad spirochéty (Spirochaetales)
  • časť 6 špirálovité a zakrivené baktérie (v neskorších systémoch uvádzané aj ako "aeróbne/mikroaerofilné pohyblivé vibrioidné/helikálne gramnegatívne baktérie" + "nepohyblivé (alebo ojedinele pohyblivé) gramnegatívne zakrivené baktérie")
  • časť 7 gramnegatívne aeróbne paličky a koky (vrátane časti toho, čo sa neskôr označovalo ako archebaktérie)
  • časť 8 gramnegatívne fakultatívne anaeróbne paličky
  • časť 9 gramnegatívne anaeróbne baktérie (v neskorších systémoch uvádzané aj ako "anaeróbne gramnegatívne rovné, ohnuté alebo závitnicovité paličky" + "baktérie disimilačne redukujúce sulfát a síru")
  • časť 10 gramnegatívne koky a kokobacily (v neskorších systémoch uvádzané ako súčasť gramnegatívnych aeróbnych paličiek a kokov - pozri vyššie)
  • časť 11 gramnegatívne anaeróbne koky
  • časť 12 gramnegatívne chemolitotrofné baktérie (v neskorších systémoch nazývané "aeróbne chemolitotrofné baktérie a súvisiace organizmy")
  • časť 13 baktérie produkujúce metán G+ (v neskorších systémoch uvádzané ako súčasť archebaktérií)
  • časť 14 grampozitívne koky G+
  • časť 15 paličky a koky tvoriace endospóry G+ (v neskorších systémoch nazývané "grampozitívne paličky a koky tvoriace endospóry")
  • časť 16 grampozitívne nesporulujúce paličkovité baktérie G+ (v neskorších systémoch nazývané "pravidelné nesporulujúce grampozitívne paličky")
  • časť 17 aktinomycéty a príbuzné organizmy G+ (v neskorších systémoch uvádzané aj rozdelené na viacero častí)
    • koryneformná skupina baktérií
    • rad aktinomycéty (Actinomycetales) - vrátane napr. mykobaktérií a nokardiovitých baktérií
  • časť 18 rickettsie G-
    • rad rickettsie (Rickettsiales)
    • rad chlamýdie (Chlamydiales)
  • časť 19 Mollicutes G-
    • rad mykoplazmy (Mycoplasmatales)

Poznámky:

- Tie časti, ktoré nemajú uvedené rady, sa delia buď priamo na čeľade alebo priamo na rody.

- G+ znamená gramnegatívne, G- znamená grampozitívne

- Vyššie je zahrnuté aj to, čo sa neskôr označovalo ako archebaktérie, a to konkrétne jednak pod názvom "baktérie produkujúce metán" a jednak ako súčasť "gramnegatívnych aeróbnych paličiek".

Toto delenie baktérií na 19 skupín ("častí") je založené na rôznych charakteristikách ako Gramovo farbenie, tvar bunky, usporiadanie buniek do kolónií, požiadaviek na kyslík, pohyblivosti, či výživových a metabolických vlastnostiach.

V úvode tejto knihy je uvedené alternatívne základné delenie (chápané ako akýsi návrh do budúcnosti), a to takéto:
ríša prokaryoty (Procaryotae):

• oddelenie fototrofné prokaryoty (Photobacteria)
  • trieda modrozelené fotobaktérie - t.j. vyššie uvedené prvé oddelenie (cyanobaktérie)
  • trieda červené fotobaktérie - t.j. časť vyššie uvedenej časti 1 (fototrofné baktérie)
  • trieda zelené fotobaktérie - t.j. časť vyššie uvedenej časti 1 (fototrofné baktérie)
• oddelenie prokaryoty indiferentné voči svetlu (Scotobacteria)
  • trieda baktérie v užšom zmysle - t.j. vyššie uvedené časti 2 až 17
  • trieda obligátne vnútrobunkové Scotobacteria v eukaryotických bunkách (Rickettsiae) - t.j. vyššie uvedená časť 18 (rickettsie)
  • trieda Scotobacteria bez bunkových stien (Mollicutes) - t.j. vyššie uvedená časť 19 (mykoplazmy)

Zdroje tejto kapitoly:^{[37][38][39][40][41][42]}

Podľa 1. vydania Bergey's Manual of Systematic Bacteriology (1984-1989) (Delenie na 33 sekcií)upraviť | upraviť zdroj

ríša Procaryotae (prokaryoty):

• oddelenie Gracilicutes (gramnegatívne baktérie okrem mykoplaziem a archebaktérií)
  • trieda Scotobacteria (gramnegatívne nefotosyntetizujúce baktérie)
    • sekcia 1 spirochéty
      • rad spirochéty (Spirochaetales)
      • ďalšie taxóny
    • sekcia 2 aeróbne/mikroaerofilné pohyblivé vibrioidné/helikálne gramnegatívne baktérie
    • sekcia 3 nepohyblivé (alebo ojedinele pohyblivé) gramnegatívne zakrivené baktérie
    • sekcia 4 gramnegatívne aeróbne paličky a koky
    • sekcia 5 fakultatívne anaeróbne gramnegatívne paličky (inde nazývané: gramnegatívne fakultatívne anaeróbne paličky)
    • sekcia 6 anaeróbne gramnegatívne rovné, ohnuté alebo závitnicovité paličky
    • sekcia 7 baktérie disimilačne redukujúce sulfát a síru
    • sekcia 8 anaeróbne gramnegatívne koky
    • sekcia 9 rickettsie a chlamýdie
      • rad rickettsie (Rickettsiales)
      • rad chlamýdie (Chlamydiales)
    • sekcia 20 aeróbne chemolitotrofné baktérie a súvisiace organizmy (inde nazývané: gramnegatívne chemolitotrofné baktérie)
    • sekcia 21 pučiace a/alebo príveskovité baktérie
    • sekcia 22 pošvovité baktérie
    • sekcia 23 nefotosyntetizujúce nefruktifikujúce kĺzavé baktérie
      • rad Cytophagales
      • rad Lysobacterales
      • rad Baggiatoales
      • ďalšie taxóny
    • sekcia 24 fruktifikujúce kĺzavé baktérie
      • rad myxobaktérie (Myxobacteriales/Myxococcales)
  • trieda Anoxyphotobacteria (gramnegatívne fotosyntetizujúce baktérie neprodujujúce kyslík)
    • sekcia 18 anoxygénne fototrofné baktérie
  • trieda Oxyphotobacteria (gramnegatívne fotosyntetizujúce baktérie produjujúce kyslík, t.j. sinice/cyanobaktérie a prvozelené riasy/prochlorofyty)
    • sekcia 19 oxygénne fotosyntetizujúce baktérie (inde nazývané: oxygénne fototrofné baktérie)
      • skupina cyanobaktérie
        • rad Chroococcales
        • rad Pleurocapsales
        • rad Oscillatoriales
        • rad Nostocales
        • rad Stigonemales
      • skupina/rad prochlorofyty/prvozelené riasy (Prochlorales)
• oddelenie Firmicutes (grampozitívne baktérie okrem archebaktérií)
  • trieda Firmibacteria (grampozitívne jednoduché paličky a koky)
    • sekcia 12 grampozitívne koky
    • sekcia 13 grampozitívne paličky a koky tvoriace endospóry
    • sekcia 14 pravidelné nesporulujúce grampozitívne paličky
  • trieda Thallobacteria (grampozitívne vetviace sa baktérie, t.j. aktinomycéty a príbuzné organizmy)
    • sekcia 15 nepravidelné nesporulujúce grampozitívne paličky
    • sekcia 16 mykobaktérie
    • sekcia 17 nokardiovité (iný slovenský názov: nokardioformné baktérie) - porov. komentár k sekcii 26
    • sekcia 26 nokardiovité aktinomycéty (iný slovenský názov: nokardioformné aktinomycéty) - tu ide zrejme o duplicitu k sekcii 17, ktorá vznikla tým, že sekcie 17 a 26 vyšli v dvoch rôznych zväzkoch
    • sekcia 27 aktinomycéty s multilokulárnymi sporangiami
    • sekcia 28 aktinoplanety (iný slovenský názov: aktinoplanéty)
    • sekcia 29 streptomycéty a príbuzné rody
    • sekcia 30 maduromycéty
    • sekcia 31 termomonospóry a príbuzné rody
    • sekcia 32 termoaktinomycéty
    • sekcia 33 iné rody - t.j. rody Glycomyces, Kibdelosporangium, Kitasatosporia a Sascharothrix
• oddelenie Tenericutes (prokaryoty bez bunkovej steny)
  • trieda Mollicutes
    • sekcia 10 mykoplazmy
      • rad mykoplazmy (Mycoplasmatales)
      • niekoľko rodov
• oddelenie Mendosicutes (prokaryoty s nezvyčajnou bunkovou stenou)
  • trieda Archaebacteria
    • sekcia 25 archebaktérie
      • skupina metanogénne archebaktérie
        • rad Methanobacteriales
        • rad Methanococcales
        • rad Methanomicrobiales
      • skupina archebakteriálni sulfátoví reducenti
        • rad Archaeoglobales
      • skupina extrémne halofilné archebaktérie
        • rad Halobacteriales
      • skupina archebaktérie bez bunkovej steny
        • rad Thermoplasmales
      • skupina extrémne termofilní sulfátoví metabolizéri
        • rad Thermoproteales
        • rad Thermococcales
        • rad Sulfolobales
• sekcia 11 endosymbionty (zvláštna skupina)

Základ tohto systému tvorí delenie na 33 sekcií; týchto 33 sekcií vlastne predstavuje len rozpracovanejšiu verziu vyššie spomínaných 19 "častí" z 8. vydania Bergey's Manual of Determinative Bacteriology. Tieto sekcie sa buď delia priamo na rody alebo sa delia na čeľade (a tie na rody) alebo sa delia na rady (a tie na čeľade a tie na rody) alebo sa delia na skupiny (a tie na spomínané rody resp. čeľade resp. rady). Toto delenie je založené na podobných (teda nie fylogenetických) princípoch ako vyššie uvedené delenie z 8. vydania Bergey's Manual of Determinative Bacteriology.

Rozdiel medzi (33) "sekciami" tohto systému a (19 resp. 20) "časťami" vyššie uvedeného systému podľa 8. vydania Bergey's Manual of Determinative Bacteriology spočíva (popri niektorých štylistických úpravách názvov) v tom, že:

-časť "špirálovité a zakrivené baktérie" (časť 6) bola rozdelená na dve sekcie (sekcie 2 a 3)

-časť "gramnegatívne koky a kokobacily" (časť 10) bola včlenená do gramnegatívnych aeróbnych paličiek a kokov (sekcia 4)

-časť "kĺzavé baktérie" (časť 2) bola rozdelená na dve sekcie (sekcie 23 a 24)

-časť "gramnegatívne anaeróbne baktérie" (časť 9) bola rozdelená na dve sekcie (sekcie 6 a 7)

-časť "aktinomycéty a príbuzné organizmy" (časť 17) bola rozdelená na 11 samostatných sekcií (všetky sekcie v triede Thallobacteria)

-archebaktérie (predtým časť 13 plus jedna súčasť časti 7) teraz tvoria 1 samostatnú skupinu (sekcia 25)

-sinice a prvozelené riasy, ktoré predtým tvorili špecifický taxón (prvé oddelenie), teraz tvoria normálnu sekciu (sekcia 19)

-pribudla nová sekcia "endosymbionty" (sekcia 11)

Zdroje tejto kapitoly:^{[43][44][45][46][47][48][49][50][51][52][42]}

Podľa 9. vydania Bergey's Manual of Determinative Bacteriology (1994) (Delenie na 35 skupín)upraviť | upraviť zdroj

V tomto vydaní je vlastne použitý modifikovaný systém z vyššie uvedeného 1. vydania Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Formálne oddelenia sú tu nahradené nasledujúcimi skôr neformálnymi "kategóriami":

• gramnegatívne eubaktérie, ktoré majú bunkové steny (zodpovedá oddeleniu Gracilicutes)
• grampozitívne eubaktérie, ktoré majú bunkové steny (zodpovedá oddeleniu Firmicutes)
• eubaktérie bez bunkových stien (zodpovedá oddeleniu Tenericutes)
• archebaktérie (zodpovedá oddeleniu Mendosicutes)

Tieto kategórie sa nedelia na triedy, ale sa priamo delia na 35 "skupín" (veľmi podobných sekciám z 1. vydania Bergey's Manual of Systematic Bacteriology), ktoré sa buď delia priamo na rody alebo sa ďalej delia na "podskupiny" a tie na rody, pričom niektoré z týchto podskupín sú zároveň rady alebo čeľade.

Rozdiel medzi (35) "skupinami" tohto systému a (33) "sekciami" vyššie uvedeného systému podľa 1. vydania Bergey's Manual of Systematic Bacteriology spočíva v tom, že:

-ubudol taxón "endosymbionty"

-ubudla jedna skupina z bývalého taxónu "aktinomycéty a príbuzné organizmy"

-archebaktérie teraz už netvoria jednu sekciu, ale tvoria 5 samostatných skupín

Zdroje tejto kapitoly:^[53][54]

Varianty odvodené z delení podľa Bergey's Manual z konca 20. storočiaupraviť | upraviť zdroj

V literatúre existujú rôzne varianty vyššie uvedených delení z 1. vydania Bergey's Manual of Systematic Bacteriology (1984-1989) alebo z 9. vydania Bergey's Manual of Determinative Bacteriology (1994).

V jednom takomto upravenom systéme sa baktérie delia priamo na 21 sekcií. Takéto delenie vzniká tak, že sa 33 sekcií z 1. vydania Bergey's Manual of Systematic Bacteriology (1984-1989) zredukuje nasledujúcimi úpravami^[55]:

-početné sekcie pokrývajúce aktinomycéty sú spojené do jedinej sekcie pod názvom "aktinomycéty" (ale nasledujúce organizmy, ktoré sú s aktinomycétami príbuzné, majú samostatné sekcie: nepravidelné nesporulujúce gramnegatívne paličky, nokardiovité, mykobaktérie)

-sekcia "endosymbionty" je vynechaná

-sekcie "oxygénne fototrofné baktérie" (t.j. sinice a prvozelené riasy) a "anoxygénne fototrofné baktérie" sú spojené do jednej sekcie (pod názvom: "anoxygénne alebo oxygénne fotosyntetizujúce gramnegatívne baktérie")

-sekcie "pučiace a/alebo príveskovité baktérie", "pošvovité baktérie", "kĺzavé nefotosyntetizujúce nefruktifikujúce kĺzavé baktérie" a "fruktifikujúce kĺzavé baktérie" sú spojené do jednej sekcie (pod názvom: "pučiace a (alebo) príveskovité; pošvovité; nefotosyntetizujúce nefruktifikujúce kĺzavé; fruktifikujúce gramnegatívne baktérie")

V inom systéme sa baktérie delia priamo na 25 skupín. Takéto delenie vzniká tak, že sa z úprav uvedených v predchádzajúcom odseku vykonajú prvé dve, ale nevykonajú sa posledné dve.^[56]

Fylogenetické systémyupraviť | upraviť zdroj

Podľa Woese 1987 (Delenie na 11 kmeňov)upraviť | upraviť zdroj

praríša eubaktérie (Eubacteria):

• kmeň purpurové baktérie - t.j. väčšina toho, čo dnes voláme proteobaktérie (vrátane rickettsií)
• kmeň grampozitívne eubaktérie - vrátane mykoplaziem
• kmeň cyanobaktérie a chloroplasty - chloroplastmi sa tu myslia prvozelené riasy/prochlorofyty
• kmeň spirochéty a príbuzné organizmy - napr. rody Spirochaeta, Leptospira
• kmeň zelené sírne baktérie - napr. rody Chlorobium, Chloroherpeton
• kmeň Bacteroides, flavobaktérie a príbuzné organizmy - napr. rody Bacteroides, Fusobacterium, Flavobacterium
• kmeň Planctomyces a príbuzné organizmy - napr. rody Planctomyces, Isocystis
• kmeň chlamýdie
• kmeň rádiorezistentné mikrokoky a príbuzné organizmy - napr. rody Deinococcus, Thermus
• kmeň zelené nesírne baktérie a príbuzné organizmy - napr. rody Chloroflexus, Thermomicrobium
• rod Thermothoga - sesterský taxón všetkých vyššie uvedených kmeňov

Toto je jeden z prvých čisto fylogenetických systémov baktérií. Archebaktérie v tomto systéme tvoria samostatnú praríšu.

Zdroje tejto kapitoly: ^[57][52]

Podľa 2. vydania Bergey's Manual of Systematic Bacteriology (stav 2004) a Systema naturae 2000 (stav 2005) ^[58]upraviť | upraviť zdroj

Toto delenie používame v slovenskej Wikipédii.

Doména: Bacteria* (Eubacteria; nepresne Prokarya, Prokaryota) – baktérie (eubaktérie) skladajúca sa z jedinej rovnomennej ríše sa delí takto: